En la Colmena, un centro subterráneo de investigación genética, se ha propagado un virus, y como respuesta la Reina Roja, el superordenador que controla el complejo, ha sellado toda la instalación y ha matado a muchos empleados. Alice (Milla Jovovich) se une a un comando de Umbrella Corporation, los mismos dueños de la Colmena, para aislar el virus, formado por One (Colin Salmon), Rain (Michelle Rodríguez), Kaplan (Martin Crewes), J.D. (Pasquale Aleardi), una médico (Liz May Brice) y dos gemelos. Junto con ellos irá el misterioso Spencer (James Purefoy), el extraño marido de Alice y Matt (Eric Mabius), un ecologista con algún que otro secreto. Alice, Spencer, Matt y el comando tienen 3 horas para desconectar a la Reina Roja y salir con vida.

El comando esposa a Matt y lo dejan con J.D. y Rain en un cuarto grande de jaulas, mientras el resto trata de desconectar a la Reina Roja. One, la médico y los gemelos entran a un pasillo para desconectarla mientras Alice, Spencer y Kaplan la obligan a darles la contraseña de la puerta, pero esta se cierra y de las paredes sale un rayo laser que le corta media mano a un gemelo y decapita a la médico, sale otro rayo y mata a los gemelos, sale un tercer rayo cuadriculado (imposible de esquivar) y corta a One. Alice y Kaplan entran al pasillo lleno de cadáveres y logran desconectar a la Reina Roja, quien les advierte que salgan.

Mientras, Rain oye un ruido y decide investigar, encuentra un zombi, pero piensa que es un superviviente, llama a J.D. quien llega con Matt pero el zombi la muerde en la mano, J.D. lo amenaza con dispararle y lo hace pero no le pasa nada hasta que Rain le dispara con su metralleta y lo derriba, con el ruido de los disparos llegaron Alice, Spencer y Kaplan, de pronto, salen cientos de muertos vivientes, Matt aprovecha la distracción para liberarse de las esposas y Kaplan le dicta la contraseña de la puerta a J.D. para poder escapar pero detrás de la puerta había más zombis y cuándo J.D. la abrió estos se lo llevaron. Alice, Matt, Spencer, Rain y Kaplan quedaron rodeados de zombis en el cuarto del pasillo de la Reina Roja, Alice vuelve a conectar a la Reina Roja para que les diga cómo salir amenazandola con desconectarla otra vez.

Mientras tanto, un mutante (Licker) que estaba en una de las jaulas del cuarto en donde habían estado Matt, Rain y J.D., escapó. El reducido grupo escapó por un compartimiento lleno de zombis, mordieron a Kaplan y otra vez a Rain, escaparon por las tuberías y Kaplan se separó. Alice recordó que había una cura para contrarestar los efectos del virus, porque si un zombi mordía a alguien, éste se convertiría en uno de ellos. Alice, Matt, Spencer y Rain entraron a un cuarto inundado donde estaba la cura, pero Alice no la encontró. De pronto, Spencer reveló que él había liberado el virus y que la cura estaba en el tren que los sacaba de la Colmena, pero del agua salió un zombi y lo mordió, Spencer mató al zombi, salió del cuarto y lo cerro dirigiéndose al tren para inyectarse el antivirus pero el licker llegó y lo devoró.

De pronto se abrió la puerta del cuarto en donde estaban Alice, Matt y Rain y detrás de ella salió Kaplan. Los cuatro se dirigieron al tren que los llevaba de vuelta a la mansión Spencer. Alice agarró el antivirus al lado del cadáver de Spencer y se lo inyectó a Rain y a Kaplan pero Rain necesitaba doble dosis porque la habían mordido dos veces, el tren avanzó pero el licker los alcanzó, rompió la compuerta de la cabina, agarró a Kaplan y se lo llevó, Rain se convirtió en zombi y Matt la mató. Alice y Matt quemaron al licker pero éste rasgó a Matt en el hombro. Después éste empezó a mutar y agentes de Umbrella Corporation lo cogieron para el proyecto Némesis. Alice despierta en el hospital de Raccoon city se pone un a bata y sale afuera toma un arma y se ve el desastre en la ciudad.

Resident Evil 2: Apocalipsis

La película comienza con Alice. Está recordando los principales acontecimientos en la Colmena. Después pasa el informe de clima del noticiero de Raccoon City con Terry Morales. Mientras tanto, por debajo de la ciudad los científicos abren la Colmena y son atacados por los zombies y mutantes del virus-T. Más tarde un equipo manda a evacuar a los principales científicos de la Corporación Umbrella, incluyendo a Ángela Ashford, hija de uno de ellos, pero su transporte choca con un camión y ella logra sobrevivir, pero no salir de la ciudad. Trece horas después el virus llega a la ciudad y Jill Valentine se prepara para combatir a los infectados. Al llegar a la jefatura comienza a disparar y libera a LJ donde les dicen a todos que salgan de la ciudad, mientras tanto el mayor Timothy Cain activa el programa Alice y ella despierta en el hospital abandonado, al salir ve a la ciudad devastada y toma un rifle de una patrulla.

Los ciudadanos se amontonan en el puente principal de la ciudad ya que es la única ruta de evacuación. Jill Valentine se encuentra con su compañero Peyton, pero inesperadamente una persona infectada muere y se tranforma en un zombie, mordiendo a Peyton. En ese momento Cain ordena cerrar la salida, dejando a miles de personas atrapadas, pero se alejan del puente, ya que ordena el uso de armas. Mientras tanto, en un helicóptero, Carlos Olivera junto con Nicholai Ginovaef y Yuri Loginov ven a una mujer atacada por los zombies en un tejado del edificio. Cuando arriban intentan salvarla pero ella se suicida. Después Cain se reúne con Charles Ashford, donde le sugiere que se vaya junto con los otros, pero él se rehúsa, ya que su hija no logró salir. Más tarde en su computadora, la rastrea y la encuentra escondida en su escuela, pero necesita ayuda para poder salvarla. Mientras rastrea encuentra a Alice, donde se arma y prepara para combatir, y más tarde a Jill, Peyton y Terry Morales (quien decide acompañarlos), quienes se dirigen a la catedral de la ciudad, en el cual son atrapados por los mutantes del virus-T, pero en ese momento Alice llega y los comienza a matar y se une con ellos.

Después LJ logra escapar de la jefatura y roba un auto para huir, pero choca al distraerse con zombies prostitutas, mientras que en otro lugar una brigada de combate lucha con los zombies pero Yuri es mordido e intentan escapar, dejando a merced el resto de los policías por los zombies. Alice y los demás se encuentran en un cementerio donde descubren que Peyton está infectado, pero Jill impide que ella le dispare cuando inesperadamente son atacados por zombies que salen de la tierra. Alice y Jill los matan y logran escapar. Cuando la contaminación por virus-T llega a niveles críticos Cain ordena que se active el programa Némesis, más tarde manda un helicóptero y es divisado por Carlos y su equipo, pero no los rescata, y ven que dejaron en el hospital estuches de armas (para el proyecto Némesis). Carlos es mordido por Yuri, convertido en un zombie, pero logra disparale.

Después LJ busca un auto para escapar. Cuando un francotirador le dispara a un zombie que estaba por atacarlo, llega a un teatro donde está el escuadrón de rescate de S.T.A.R.S., cuando inesperadamente llega Némesis y una de sus operadoras altera los protocolos, y ordena que mate a todos los miembros de S.T.A.R.S. Y logra liquidar a todos menos a LJ ya que el no es un miembro de S.T.A.R.S. ,en otra parte Alice y los demás son interrumpidos por una llamada de un teléfono público quien resulta ser Charles Ashford, y hace un trato con ella, él les dirá como salir de la ciudad si logran rescatar a su hija Ángela, ya que nadie los podrá ayudar y por lo tanto ordenarán una "desinfección" que resulta ser un misil nuclear de 5 toneladas. Después en un puente Némesis los encuentra y le dispara a Peyton, matándolo, y Alice lucha contra él mientras los demás escapan. Después Jill intenta encender una camioneta cuando es sorprendida por el zombie de Peyton, y ella le dispara y así escapan. Cuando después se encuentran con LJ y se une con ellas, al llegar a la escuela se separan y Terry es asesinada por los zombies escolares. Después llega Jill y ve que es demasiado tarde para ayudarla, pero logra encontar a Ángela y toma su videocasetera, mientras que LJ se encuentra con Carlos Olivera, más tarde Jill trata de salir pero es atacada por zombies Doberman, pero llega Nicholai y les dispara. Pero uno de ellos lo ataca junto con otros dos más matándolo instantáneamente. Más tarde Jill intenta quemar el lugar con gas de las estufas de la cocina, pero no lo consigue. Pero en ese momento llega Alice y lo logra, después ve que Ángela está infectada y ella cuenta que su padre fue el creador del virus-T pero la corporación le quita su invento, en ese momento llega LJ junto con Carlos y descubre que su compañero está muerto y que también está infectado, pero Ángela tiene el antivirus que es la cura del virus-T. Después logran escapar y llegan a la alcaldía, donde está un helicóptero tal y como dijo Ashford, pero Cain se entera de lo que hace y cambia los planes. Después Alice combate a los guardias y le dice al piloto que despegue, pero Cain llega de sorpresa.

Llega de momento Némesis y Cain le dice a Alice que combata con él, pero ella se niega. Él le dice que si no lucha morirán todos y le dispara a Charles Ashford, matándolo y ella no tiene más opción que pelear con él. Ella pelea y logra derrotarlo cuando se da cuenta de que él es Matt, su amigo con el que logra escapar de la Colmena, y no lo mata. Cain, decepcionado, ordena a Némesis que la mate pero él le dispara a los soldados y Alice y los demás escapan. Cain ordena la desinfección y en eso lo noquea LJ. Cuando escapan del helicóptero Alice tira a Cain y los zombies logran entrar al complejo y Cain les dispara. En un momento desesperado se intenta suicidar pero se le acaban las balas y muere por manos de los zombies. Los demás logran escapar, pero se detona la bomba y la explosión alcanza al helicóptero, donde un tubo se dirige hacia Angela pero Alice la salva y el tubo se entierra en su estómago matándola aparentemente y el helicóptero cae en el río de las montañas Arklay. Dos horas más tarde el Dr. Isaacs y su equipo se dirigen en la zona cero y encuentran el cuerpo de Alice, después en un noticiero pasan la tragedia de Raccoon City mostrando el contenido de la videocasetera de Terry Morales, pero la Corporación Umbrella descarta eso como una broma. Ahora Carlos Olivera y Jill Valentine son buscados por la policía. Tres semanas después, en el centro de investigación médica de la Corporación Umbrella, en Chicago, el Dr. Isaacs logra restaurar a Alice y cuando despierta comienza a tener recuerdos de lo sucedido, y cuando le preguntan su nombre ella responde que Alice y los comienza a atacar y logra escapar de la instalación. Más tarde llega Carlos, Jill y LJ e intentan salir con identificaciones falsas, después el Dr. Isaacs les dice que se vayan y da el programa Alice iniciado. En un primer plano se muestran los ojos de Alice con el logotipo de Umbrella y su visión es de una computadora, y finalmente es rastreada por un satélite de Umbrella.

Resident Evil 3: Extincion

La historia comienza cuando Alice despierta en el baño donde supuestamente se desmaya mientras se duchaba y encuentra sobre una cama el vestido que llevaba en la primera película, al salir ve una gran sala de lo que parece una mansión y encuentra una foto de ella con su esposo que murió, en el cristal del marco aparece un reflejo que pasa detrás de ella velozmente y esta va a investigar. Poco después se encuentra en un pasillo similar al que llevaba a la cámara de la reina roja en La colmena, donde murieron varias personas cortadas por los láseres, esquiva varios de ellos saliendo por un conducto de ventilación que estaba abierto y llega a unos pasillos del hospital de Raccoon City. Poco después, intentando salir de ahí, se encuentra otra trampa que casi la corta por la mitad, al final Alice acaba muriendo debido a que del logotipo de Umbrella que había en el suelo sale un aparato mortífero; un platillo que dispara una ráfaga de balas a su alrededor, de las que varias balas impactan en la cintura y el estómago de Alice. Después, el Dr. Isaacs aparece junto con otros empleados de Umbrella que trasportan el cuerpo a una choza en el desierto que sirve de disfraz para las instalaciones, tiran el cuerpo en una zanja donde se hallan los cuerpos de muchos clones de Alice, la choza se encuentra rodeada por una cerca al otro lado de la cual se amontonan miles de no muertos.

Después, aparece Alice, la autentica, que narra cómo "la desinfección" que Umbrella lanzó sobre Raccoon City no logró evitar que el T-Virus infectara a todos los Estados Unidos con el tiempo, que seguiría su expansión por Europa y el resto del mundo, incluso el planeta comenzaba a desertizarse y morir. A continuación se ve a Alice atravesando el desierto de Utah y entrando en Salt Lake City, donde se ve emboscada por unos bandidos en un edificio que era la sede de la radio KLKB, Alice logra escapar de allí y se dirige al desierto del sur de Nevada.

Tras ver un vehículo abandonado a un lado de la carretera y a un humano siendo devorado por un no muerto, el antropófago es arrollado por el grupo de vehículos en los que se encuentran Carlos Oliveira, L. J., Claire Redfield y otros personajes. A continuación se ven las instalaciones de Umbrella en Nevada, donde el personal de la base se encuentra discutiendo cómo asegurar la superficie para poder subir y terminar su confinamiento, durante la conversación el Dr. Isaacs intenta convencerlos de que él tiene la respuesta final pero todos prefieren estar completamente seguros y no se fían demasiado de él.

Alice reaparece apuntando a un no muerto que se llamaba Stevie, registra una estación de servicio donde encuentra un libro que da las pistas y notifica de que no hay infección en Alaska, en ese momento Alice decide dirigirse allí y llevar a los supervivientes. Después de esto, Carlos y L. J. se adentran en un motel, una vez dentro, L. J. se dirige a una habitación donde lo ataca un no muerto, pero logra liquidarlo a tiempo, sin embargo es atacado por otro donde resulta herido por una mordedura, Carlos lo salva matando al no muerto, después la enfermera Betty cura al herido y éste no dice nada de la herida infectada. A continuación se muestra que el Dr. Isaccs experimentando con un no muerto, introduciéndole la sangre de Alice con lo que el zombi se vuelve un poco más inteligente y más hábil, a la vez que se vuelve más peligroso. Éste ataca a los científicos mientras que el Dr. Isaacs huye cobardemente abandonándolos dentro de la sala de seguridad donde se practicaba el experimento. El Dr. Isaccs se da cuenta de que no obtiene los resultados que deseaba, así que en una reunión con la cúpula de Umbrella aprovecha para decirles que ha encontrado el proyecto Alice original, el cual es necesario para el desarrollo completo del proyecto, pero estos no le brindan el apoyo necesario, así que decide actuar por su propia cuenta y con una grabación de la voz del presidente de la corporación Umbrella, Albert Wesker, reproduce una orden con la que obtiene un ejército para ir tras Alice, la cual está decidida con todos los supervivientes a llegar Alaska, pero en la ciudad de Las Vegas estos son interceptados por un gran cajón lleno de no muertos experimentales. En dicha batalla muere gran parte de los supervivientes que había hecho colocar estratégicamente el Dr. Isaacs para matar a Alice y a los demás interceptores, L. J. fallece por el mordisco de un zombie y se convierte en un no muerto tras lo cual logra morder a Carlos antes de que éste le mate, el Dr. Isaacs y sus subordinados intentan controlar a Alice mediante el satélite pero no lo consiguen, Alice los aniquila, el Dr. Isaacs intenta escapar pero es atacado por un no muerto experimental, logra escapar por el auxilio del antivirus, sin embargo, Alice no llega a tiempo para interceptar al helicóptero y decide seguirlo para encontrar a los supervivientes en Alaska.

Alice llega a la base en Norteamérica de Umbrella, descubre que ya es demasiado tarde para salvar a Carlos con el antivirus y éste se sacrifica para que puedan entrar en la base de Umbrella; detonando una bomba y matando a parte de los no muertos que rodean el complejo, abriendo un paso momentáneo hacia la entrada, todos logran escapar en el helicóptero a Alaska con excepción de Alice que se queda en la base, y descubre que no queda nadie vivo en su interior a excepción de Issacs convertido en un Tyrant muy poderoso como consecuencia de inyectarse demasiado antivirus. Tras una dura batalla, entran en el famoso pasillo láser donde Alice lo atrae para morir allí con él, sale el famoso rayo láser inevitable y parte en pequeños cuadrados al Tyrant y se detiene antes de llegar a tocar a Alice gracias a que una clon suya, que se creía muerta, lo desactiva a tiempo.

Al final de la película se muestra la ciudad de Tokyo, que también está infectada con el T-Virus, y se ve la base de Umbrella subterránea en donde están en junta todos los funcionarios de Umbrella que quedan, liderados por Albert Wesker, y estos dan por perdida la base de Estados Unidos tras 17 horas sin poder comunicarse con ellos, en ese momento aparece Alice mediante un holograma diciendo que va por ellos y que también llevará a unas amigas, quienes resultan ser los cientos de clones de Alice que el Dr. Isaacs había creado.

Resident Evil 4: Afterlife

Poco después de la muerte del Tyrant Dr. Isaac, los clones de Alice (Milla Jovovich) intentan matar a Albert Wesker (Shawn Roberts) en su base en Japón. Todos los clones mueren en una explosión mientras Wesker escapa en una aeronave. La Alice original lo embosca, pero Wesker le inyecta un suero que neutraliza el T-virus de su sistema, eliminando sus poderes sobrehumanos y la convierte en humana de nuevo. Antes de que pueda matarla, el avión se estrella y Alice sale sola de los escombros de la nave.

Seis meses después, Alice sigue escuchando una emisión de emergencia de un paraíso para los supervivientes conocido como "Arcadia". Después de muchos meses de búsqueda infructuosa, va hacia Arcadia y al no encontrar supervivientes en el camino, incluyendo a sus amigas Claire Redfield (Ali Larter) y K-Mart (Spencer Locke), Alice empieza a perder la esperanza, creyéndose el último humano superviviente en el planeta. Luego de detenerse en una playa abandonada en el Arcadia, Alice encuentra el helicóptero donde Claire, K-mart y los demás huyeron cuando se separaron al escapar de Las Vegas. Una enloquecida Claire, bajo la influencia de un dispositivo de la Corporación Umbrella unida a su pecho, la ataca. Alice le quita el dispositivo, por considerar que ha dañado la memoria de Claire.

Alice y Claire viajando en un avión de piloto y copiloto, entran en las ruinas de Los Ángeles y encuentran un pequeño grupo de sobrevivientes que viven en una prisión de máxima seguridad, rodeado de los no muertos. Ellas aterrizan el avión en el techo, entre los supervivientes se encuentran Bennett (Kim Coates), Angel Ortiz (Sergio Peris-Mencheta), Luther West (Boris Kodjoe), Crystal (Kacey Barnfield), Wendell (Fulvio Cecere) y Kim Yong (Norman Yeung), los cuales les dicen que Arcadia es en realidad un barco cisterna de carga que viaja a lo largo de la costa. Ya que el avión no puede subir más de dos, Alice y los supervivientes tratan de averiguar un medio para llegar a Arcadia juntos. Los supervivientes también vigilan a el prisionero, Chris Redfield (Wentworth Miller), a quien encontraron encerrado en una celda de máxima seguridad cuando llegaron. Él dice que él es un soldado que combatió los brotes con prontitud, pero fue encerrado por los reclusos como parte de una broma cruel cuando la misión fracasó y conoce una forma de llegar a la costa, y por lo tanto a Arcadia, pero no lo revelará a menos que sea puesto en libertad.

Ellos no lo creen y lo mantienen encerrado, hasta que los zombies crean un tunel a través de las vías del drenaje y monstruo similar a Némesis llamado el verdugo derriba la entrada de la carcél; Alice y los sobrevivientes sin más elección deciden liberar a Chris y usar su ruta de escape. Él reconoce a Claire y se presenta como su hermano, aunque ella no lo recuerda. Chris revela que su plan es un vehículo militar blindado hecho para resistir motines sangrientos. No obstante al encontrarlo se enteran de que el vehículo esta fuera de servicio y por si fuera poco Bennet preso del panico traiciona el grupo, matando a Angel y robando la avioneta de Alice para llegar al Arcadia. Chris, Alice y Crystal nadan hasta un almacén de armas para conseguirlas, aunque pierden a la última. Todo el grupo se reencuentra en el techo del edificio, mientras Bennet escapa, Alice idea un plan: todos deben irse por un ascensor mientras ella explotará el techo y saltará del edificio. Ya a salvo el grupo, sin más remedio deciden escapar por los túneles de los zombies para llegar a las alcantarillas, que desemboca en la costa, Chris y Luther van primero. Sin embargo, en ese momento aparece el verdugo quien mata a Kim y ataca de manera violenta a Claire y Alice obligandolas a enfrentarse a él, mientras la última recibe un ataque y se desmaya, Claire debe intentar sobrevivir. Al final ambas consiguen derrotarlo, y siguen a Chris y a Luther, pero éste fue atrapado por un zombi antes de llegar a la costa, matándolo aparentemente; Alice intenta ayudarlo pero Chris la detiene diciéndole que ya es muy tarde para salvarlo.

Chris, Alice y Claire se dirigen al Arcadia, y al encontrarlo ven el avión donde anteriormente Bennett se había ido dentro. Explorando las profundidades interiores, se dan cuenta que es una trampa tendida por Umbrella para atraer a los sobrevivientes a la nave y así realizar experimentos con ellos. Claire entonces recuerda como ella y su grupo fueron emboscados por Umbrella y que ella fue la única que pudo escapar a los pocos momentos de ser fusionada con el dispositivo en su pecho. El trío entonces liberan a los supervivientes, entre ellos a K-Mart.

Alice se encuentra con Wesker, quien le explica que ha sido infectado por el virus T, mutando en él y otorgándole súper habilidades sobrehumanas, pero le resulta difícil de controlar. También le explica que al asimilarla, por su invuneridad al virus T, sería capaz de obtener el dominio pleno del mismo. Alice, junto con los hermanos Redfield, se enfrentan a Wesker y lo derrotan gracias a la intervención de una cuerda K-MART. Luego de liberar a todos los sobrevivientes, se dan cuenta de que Wesker está escapando en un helicóptero y activa la bomba para matar a todos a bordo de Arcadia. No obstante, se da cuenta de que Alice escondió la bomba a bordo del helicóptero y se destruye. Luther, quien se asoma por un túnel de la prisión perseguido por zombies que luego mata, ve la luz del día, pero miles de helicópteros de Umbrella se dirijen al Arcadia al tiempo que Alice decide volver a enviar el mensaje de salvación de éste para los sobrevivientes que hubiera en el mundo.

Claire, Chris, K-mart y Alice miran perplejos, mientras se descubre que una flota de helicópteros se acercan a "Arcadia".

En la presentacion del elenco durante los creditos, se revela la ultima escena de la pelicula; protagonizada por Jill Valentine. Se observa a Jill llevando en su pecho el dispositivo P30 que le controla mientras da ordenes de asesinar a los sobrevivientes y destruir a los objetivos principales de Umbrella: Chris, Claire y Alice.